一年戰爭結束後，夏亞馬沙和大部分的吉翁自護殘兵一起退到小行星帶的阿克西斯亞古捷斯要塞中，以德斯爾．薩比的女兒－－米妮瓦．薩比為精神象徵，在馬哈拉賈．坎恩的領導下進行重建。 0083 年馬哈拉賈逝世，在夏亞的推薦下，哈曼．坎恩哈馬加接掌了其父之權位，擔任米妮瓦的攝政。
哈曼上台之後，一改其父消極之作風，開始積極地擴充軍備、整肅保守派、建立中央集權的統御系統，意欲重返地球圈。此時反對哈曼政策的夏亞，卻已無力阻止迅速鞏固的哈曼政權，不得不以偵察敵情為由，離開了阿克西斯。
以一名在一年戰爭中陣亡的聯邦軍官「克瓦特羅．巴吉納古華多羅 」的身分證件返回地球圈的夏亞，發現昔日聯邦／吉翁的對立，仍以地球住民／宇宙移民的情勢延續著，而且在迪坦斯泰坦斯 (Titans) 以獵殺吉翁殘黨為名，大量迫害宇宙移民之下，情況愈演愈烈。因著自己的意志、拉拉娜娜 的意志，他加入了反地球聯邦組織「幽谷 奧干 (AEUG) 」。在拉拉死後身心均陷入迷惘倦困的夏亞，這一次不是為了復仇，也沒有名利的慾望，只想認清自己的價值，找出拉拉指引的方向。但是種種情勢卻逼得他做下無法回頭的抉擇……。
格里布斯戰爭在夏亞所策動的「強奪鋼彈高達事件」之後爆發。在這次事件中，卡繆．維登嘉美尤．維達加入了幽谷陣營。卡繆的情感是如此地強烈，夏亞立刻便感受到他的 NT（新人類）能力。他彷彿在卡繆身上看見七年前那個充滿自信，情感澎湃的自己。然而卡繆並未發覺，感情敏銳的他，也未能了解夏亞的內心。
卡繆有兩次毆打夏亞的名場面。第一次是夏亞堅稱他不是夏亞，「現在的我是克瓦特羅．巴吉納。這以上以下都不是。」卡繆於是打了他。
第二次是因戀慕夏亞的蕾柯亞妮歌負傷出擊，機體遭敵人擊損而失蹤。卡繆憤怒地打了夏亞。「如果你對蕾柯亞溫柔一些的話……」卡繆哭了出來。
夏亞只是望著蕾柯亞栽種的盆栽道︰「仙人掌的花開了。」
夏亞兩次均明顯地掩飾自己的內心感情。凱伊丹尼在給小林隼人的信上寫著︰「有領袖的度量，卻（用假名）不做領袖的夏亞非常卑鄙，如再過十年、二十年應該會成為地球聯邦政府的首相。」其實都是不了解夏亞所致。他使用假名只是因為身心無法承受指導他人的戰爭，夏亞、吉翁在他尋求拉拉指引的路途中都是負著重荷的名字，迷惘之中的他只能沉默。而為了沉默，他關閉了自己，對卡繆未加辯解，對蕾柯亞保持冷漠。但是這只造成了惡性循環，任由蕾柯亞被西羅克 斯洛哥吸引而去，卡繆和鳳科重覆了七年前的悲劇，自己在迷亂中卻又因布雷克斯淮將遭到暗殺，而當上幽谷的實質領導人。
吉翁家族的金箍再度回到他的頭上。
幽谷為了扭轉聯邦議會落入迪坦斯的不利局勢，擬定了攻佔達喀爾聯邦議會的作戰。在控制會場之後，由夏亞發表演說，表明「紅色慧星夏亞」的身份、亦揭櫫了自己是吉翁．戴肯之子的秘密。雖然在達喀爾演說之後，輿論、議會皆倒向幽谷，在作戰上可說是已獲得了全面勝利，但對夏亞而言，卻是走上一條艱辛、複雜、背負著眾人期待的不歸路了。
在演說前後，他曾不止一次地向唯一能看透他心思的阿姆羅阿寶 表示︰「說實話，我真想逃走。」
阿姆羅道︰「沒辨法，你不去沒人能代替你。」
「真的是犧牲品嘛！」
「因為你是犧牲品家族呀。」
之後，夏亞就以犧牲品的身分，以及犧牲品的決心，進行了阿克西斯墜落作戰……。
幽谷和迪坦斯的爭鬥中，由於哈曼．坎恩率領的阿克西斯突然歸還地球圈，使戰局產生了極大的變數。為了爭取這足以改變戰局優劣的第三勢力，幽谷和迪坦斯紛紛展開和阿克西斯的談判、密約。夏亞自然也就見到了哈曼．坎恩，和自己帶大的米妮瓦．薩比。
夏亞和哈曼的關係十分複雜微妙。據說在哈曼未出任攝政之前，他們曾是一對戀人（或者說，哈曼單戀……，不管怎樣，哈曼直到最後仍十分眷戀夏亞），而夏亞之所以推薦哈曼擔任攝政，一方面是哈曼的才能，另一方面也是自己不希望當領導者。當他四年後在格瓦丹艦上與哈曼再會時，自然百感交集；但在他發現幼小的米妮瓦成為哈曼傀儡的時候，頓時憤怒得幾乎失去理智，對哈曼大打出手，連卡繆都說「平常冷靜的上尉到那兒去了？」
這是有原因的。雖然米妮瓦是薩比家的人，但夏的復仇已結束，對薩比家也不再懷有仇恨。而米妮瓦到達阿克西斯時還未滿一歲，在三歲以前，她都是在夏亞的撫育下長大。這個擁有優異NT素質的小女孩，大概是《Ｚ鋼彈》之中最接近拉拉的人，也是少數能親近夏亞、彼此感知的NT（我們可以從米妮瓦不斷地詢問夏亞會不會在她身旁得知）。夏亞為了幽谷，不得不繼續作戰；為了戰局，不得不對哈曼低頭。在４３集「哈曼的嘲笑」中，在公園裡痛苦地抱著頭的夏亞，大概是富野監督對他的心情最明顯的描述吧！
格里布斯戰爭中的夏亞，是個迷惘、困惑、被重荷捆綁、滿身是傷的失敗者。結局就如片尾的百式一樣；斷手殘肢地戰到最後，仍然漂散在宇宙中，尋找不到立足之地。但失敗並不表示失去了價值，夏亞仍將在宇宙發光……。
